SAGEO, 2023 - Québec, Canada
07 Jun 2023
Avant ( > ~ 2011) : des “black-boxes” méthodologiques
Logiciels payants, ruptures logicielles dans les chaines de traitements, stockage et partage des données et méthodes non optimisé, univers “clic-bouton”.
Ensuite ( 2011 > récemment)
Solutions open source, gratuites, qui couvrent l’ensemble de la chaîne de traitement de l’information, univers de programmation.
Mise à jour de ce graphique en intégrant les dimensions Python, Js > plus forcément chaînes de traitement.
Pb (1) : Comment passer d’un langage à l’autre ?
Pb (2) : Comment documenter et partager ses traitements ?
Ouverture des protocoles de recherche dans l’objectif de confirmer et rendre répétable des résultats de recherche.
Jon Claerbout (sismologue, Univ. Stanford). Il utilise avec son groupe pour la première fois le terme de “recherche reproductible” lors du congrès de la Society of Exploration Geophysics en 1992.
Paradigme de programmation (Knuth, 1984) qui consiste à associer code source (pour les ordinateurs) et documentation (pour les humains).
Donald Knuth (mathématicien, Univ. Stanford). Pose les bases de la programmation lettrée dans un premier environnement de literate programming : le WEB qui combine du Pascal et du TeX, appliqué aux nombres premiers (1984).
Un gain général en reproductibilité de la démarche et en ouverture des méthodes scientifiques.
Le Notebook est une solution opérationnelle et adaptée pour arriver à ces fins.
Source : Pecout, 2022
Source : Pecout, 2022
RStudio propose plusieurs modèles pour initier aisément un notebook.
RStudio propose plusieurs modèles pour initier aisément un notebook.
Le YAML permet de définir :
Le format de sortie désiré (HTML, PDF, .doc, etc.)
Le type de document souhaité (Document, présentation, site Web, etc.)
Il est hautement paramétrable :
Les possibilités offertes sont présentées dans la documentation Quarto
Le YAML utilisé pour cette présentation
---
title: "Créer un notebook avec Quarto: principes, fonctionnalités"
subtitle: "SAGEO, 2023 - Québec, Canada"
author: "Nicolas Lambert, Timothée Giraud, Matthieu Viry, Ronan Ysebaert"
date: 06/7/2023
date-format: "DD MMM YYYY"
title-slide-attributes:
data-background-color: black
data-background-image: fig/SAGEO.png
data-background-size: cover
data-background-opacity: "0.5"
format:
revealjs:
margin: 0
embed-resources: true
smaller: true
scrollable: true
theme: [simple, custom.scss]
code-line-numbers: false
editor: visual
execute:
echo: true
---Langage de balisage léger
h1, h2, h3 bold, italic import figure
Callout blocks
possibilité d’intégrer du code Python, R, Julia, Observable JS au sein du même document.
echo, eval, warning, message, cache, fig.height
possibilité de le spécifier dans le YAML (execute:)…
ou directement dans les chunks
[To do] : Initier un document Quarto